Aqui vão alguns programas para plotagem (plot tool) para GNU/Linux que possam fazer algo parecido com o famoso Origin (http://www.originlab.com). Existem muitos outros mas fiz uma seleção daqueles que se aproximariam do Origin.
Grace
http://en.wikipedia.org/wiki/Xmgrace
LabPlot
http://en.wikipedia.org/wiki/LabPlot
QtiPlot
http://en.wikipedia.org/wiki/QtiPlot
SciDAVis
http://en.wikipedia.org/wiki/SciDAVis
SciGraphica
http://scigraphica.sourceforge.net
Tenho usado o Grace apesar de ser um pouco diferente do Origin. É bem completo em termos de recussos matemáticos. No entanto, não é compatível com os arquivos do Origin. Em contrapartida, a versão atual do QtiPlot abre arquivos do Origin 7.2. Como o SciDAVsi é um fork do QtiPlot, ele deve também ter esse recurso. Vou experimentar o SciDAVis e reportarei minhas impressões assim que possível.
